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T2T基因組

從端粒到端粒的gapfree/gapless基因組

技術(shù)介紹

T2T基因組(Telomere-to-Telomere),即端粒至端粒的完整基因組組裝的簡稱,是更完整基因組的代表。T2T基因組主要是通過多種測序平臺、高深度測序,結(jié)合多種軟件方式來獲得具有端粒與著絲粒的的gap-free或gap-less的高質(zhì)量基因組。端粒為真核生物染色體末端的一種特殊結(jié)構(gòu),由 DNA重復(fù)序列和特異結(jié)合蛋白組成的復(fù)合體。高等生物的著絲粒由數(shù)千個高度重復(fù)單元串聯(lián)形成。而這些重復(fù)區(qū)域高度復(fù)雜,是三代測序與組裝中的難點,也是T2T基因組重點攻克對象。T2T基因組的構(gòu)建將進一步助力物種基因組中復(fù)雜區(qū)域的解析,尤其是早期難以被破解的“黑色領(lǐng)域”,可為物種的深度研究提供重要的基礎(chǔ)信息。

T2T基因組解析高度復(fù)雜區(qū)域 Gladman N et al., Current Opinion in Biotechnology, 2023

技術(shù)特點

  • 可以獲得高準(zhǔn)確性、高連續(xù)性、高完整性的端粒到端粒的高質(zhì)量基因組

  • 可以克服著絲粒和高重復(fù)區(qū)域的組裝難題

  • 可以克服著絲粒和高重復(fù)區(qū)域的組裝難題

  • 探索染色體的起源, 馴化以及鑒定性別關(guān)鍵基因

技術(shù)路線

T2T基因組技術(shù)路線

測序策略

測序類型

完成周期

組裝指標(biāo)

測序深度

文庫大小

PacBio?HiFi 3-6個月(組裝注釋)

(視物種具體情況而定)

至少一條染色體達到T2T

(視物種具體情況而定)

基因組≥60x 15-20kb
ONT?Ultra-long 基因組≥40x 50kb/100kb/150kb

結(jié)果展示

家雞T2T基因組組裝 (Huang Z et al., PNAS, 2023)
西瓜G42 T2T基因組與97103v2基因組共線性分析 (Deng Y et al., Molecular Plant, 2020)

百邁客生物服務(wù)優(yōu)勢

同時具備主流三代測序平臺PacBio與Nanopore,通量充足,測序模式隨心選

多年基因組組裝項目經(jīng)驗,專業(yè)的個性化分析團隊,T2T基因組可輕松應(yīng)對

基因組成功案例200+,影響因子2000+

實驗與生信分析,軟著+專利雙重加持

合作案例文獻

百邁客生物服務(wù)流程

  • 樣品寄送

  • 建庫測序

  • 數(shù)據(jù)分析

  • 出具報告

  • 售后答疑