根據(jù)親本雜合、純合情況選擇分離群體類型：

（一）親本雜合的物種，如林木、水產、果樹等異花授粉、蟲媒、風媒授粉、雌雄異體物種，一般采用F1。

（二）親本純合物種，如水稻、豆類等自花授粉，分離群體可用F2、BC、RIL、DH、巢式群體等。

兩個親本推10-20×，子代測序深度看物種基因組組裝程度，如果組裝結果不好的話，大部分片段都比較短，可能最后會影響遺傳圖譜的結果，推薦測序深度3X以上，如果基因組裝到染色體水平或者N50達到Mb級別測1×就可以了。

需要，9311基因組雖然出來，但是9311有很多不同類型的突變，比如有的有芒，有的無芒，建議老師測，但是測序深度可以稍微降低。

大部分QTL定位方法只是要求表型數(shù)據(jù)中的隨機誤差項服從正態(tài)分布，并沒有要求表型數(shù)據(jù)滿足正態(tài)分布。數(shù)量性狀只有在多基因假說下才真正符合正態(tài)分布，表型數(shù)據(jù)的非正態(tài)性并不影響QTL定位。

包含偏分離不顯著的標記，顯著偏分離的標記會被過濾掉。偏分離是自然界非常普遍存在的現(xiàn)象，并被認為是生物進化的動力之一。產生偏分離的原因主要有兩個方面：配子選擇和合子選擇，其中配子選擇主要包括花粉致死、花粉管競爭和選擇性受精。除了上述原因以外，環(huán)境因素、非同源重組、基因轉換、轉座因子、轉基因沉默、體外孤雄生殖過程中的選擇壓、非整倍體或不穩(wěn)定易位造成的染色體不穩(wěn)定等都有可能是導致偏分離。

通過共線性分析，將遺傳圖譜上的標記與初步組裝得到的scaffold進行比對，統(tǒng)計不同scaffold上的標記數(shù)目，得到不同連鎖群上被錨定的scaffold信息，一個scaffold上如果錨定兩個以上的標記，該scaffold的位置和方向均可以被定位到染色體水平。只有1個標記則只能定位到位置，方向不能確定。如果沒有錨定到標記，則該scaffold仍然不能被定位到染色體水平，說明該scaffold多態(tài)性可能較差，需要構建更加精細的遺傳圖譜。

判斷標記是否偏分離是采用的卡方檢驗，卡方檢驗的顯著性P值越小，越證明該標記偏分離嚴重，因此P值小于0.001的標記要少于P值小于0.01的標記的數(shù)量。在進行過濾的時候如果按照P值<0.001過濾，剩余的標記會更多，因此是比較寬松的過濾標準，反之，按照P值<0.01過濾，會過濾掉更多的標記，是更為嚴格的過濾標準。

取F2的葉片，F(xiàn)2:3家系的表型平均值作為F2的表型，群體要隨機取樣（F2:3家系是指F2代群體中，每個F2代植株自交又產生的各自的F3群體組成的群體，這個F3是與上一代F2所對應的，所以也稱為F2:3家系，他們是不能混在一起的，混在一起就叫F3了，而不是F2:3。這種群體主要是用于初步定位的，對于單顯性基因控制的質量性狀定位效果很好。）

無需建立BAC庫，親本重測序可以獲得QTL區(qū)域的基因序列，進行基因預測和后續(xù)標記開發(fā)轉基因驗證等工作。

1）表達數(shù)量性狀基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）是指的是染色體上一些能特定調控mRNA和蛋白質表達水平的區(qū)域，其mRNA/蛋白質的表達水平量與數(shù)量性狀成比例關系，將各基因型的表達數(shù)據(jù)作為一個數(shù)量性狀，利用傳統(tǒng)的QTL分析方法進行分析。eQTL可分為順式作用eQTL和反式作用eQTL，順式作用eQTL就是某個基因的eQTL定位到該基因所在的基因組區(qū)域，表明可能是該基因本身的差別引起的mRNA水平變化；反式作用eQTL是指某個基因的eQTL定位到其他基因組區(qū)域，表明其他基因的差別控制該基因mRNA水平的差異。

2）基于轉錄組測序的關聯(lián)分析是從SNP關聯(lián)分析與GEM關聯(lián)分析兩個水平實現(xiàn)的，開發(fā)的SNP位于基因編碼區(qū)域，SNP與基因(或Unigene)所屬關系是已知，加上基因表達水平的關聯(lián)分析就能夠實現(xiàn)功能基因的精細定位。

主要有四款：R-qtl、MapQTL、WinQTLcart和ICiMapping。

這是由于標記的子代分型依賴于親本的分型造成的。遺傳圖中每一個標記的子代分型首先要根據(jù)親本的分型來進行分型判斷，因此親本分型的準確性就很重要，是依靠高深度的測序來確保親本分型的準確性，因此在測序的時候要比子代的測得多。