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醫(yī)學(xué)Nanopore全基因組甲基化

產(chǎn)品介紹

Nanopore測序技術(shù)借助單個分子通過納米孔時引起孔兩側(cè)電位差來實現(xiàn)信號檢測，納米孔的直徑僅允許單個核苷酸聚合物通過，而ATCG四種堿基以及帶有甲基化修飾的堿基的帶電性質(zhì)不同，因此通過電信號差異特征即可檢測出通過納米孔的堿基類型，從而實現(xiàn)甲基化修飾的檢測。

Nanopore三代單分子納米孔測序可以同時檢測全基因組范圍單堿基的5mC和6mA修飾位點，并給出單堿基的甲基化水平！甲基化數(shù)據(jù)的序列信息還可以用于重測序分析，一套數(shù)據(jù)分析5mC&6mA的甲基化的同時還能進(jìn)行結(jié)構(gòu)變異檢測。

服務(wù)流程

  • 樣品寄送

  • 建庫測序

  • 數(shù)據(jù)分析

  • 出具報告

  • 售后答疑

實驗流程

實驗流程按照 Oxford Nanopore Technologies(ONT) 公司提供的標(biāo)準(zhǔn) protocol 執(zhí)行，包括樣品質(zhì)量檢測、文庫構(gòu)建、文庫質(zhì)量檢測和文庫測序等流程。

信息流程

?結(jié)果展示

CpG島甲基化水平

CpG島（CpG island, CGI）是富含CpG二核苷酸的一些區(qū)域，分別統(tǒng)計CpG島、上游、下游分 的平均甲基化水平

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6mA區(qū)域的motif序列

選擇甲基化水平高的6mA 位點周圍的區(qū)域，識別6mA位點可能的 motif 信息，堿基信號的高度代表該堿基在該位置上的相對頻率

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全基因組甲基化水平圈圖

計算區(qū)域內(nèi)所有滿足深度位點的甲基化水平均值，繼而展示全基因組范圍內(nèi)的甲基化水平

樣本相關(guān)性圖

基于全基因組甲基化水平進(jìn)行樣品間的相關(guān)性分析（此分析至少需要 2 個樣品），使用皮爾森相關(guān)系數(shù)（Pearson correlation coefficient）計算所有樣品共有位點的甲基化水平之間相關(guān)性。

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DMR關(guān)聯(lián)基因GO富集圖

如果 DMR 注釋到基因的非基因間區(qū)，則認(rèn)為該基因是 DMR 的關(guān)聯(lián)基因，對DMR關(guān)聯(lián)基因分別進(jìn)行 富集分析

?常見問題

樣品量少可以PCR后做甲基化檢測嗎？

不可以，必須直接上DNA，如果PCR后堿基上的甲基化修飾會被隱藏掉，無法通過電信號判斷出來。

6mA是什么，研究它有什么意義？

N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenine，6mA）是指腺嘌呤6位氮原子的甲基化修飾。對于真核生物來講，關(guān)于DNA甲基化的研究主要集中在5mC上。然而隨著測序技術(shù)的發(fā)展發(fā)現(xiàn)6mA在真核生物中不但存在還起著非常重要的作用。關(guān)于6mA甲基化在發(fā)育、疾病中所起的作用還需要大家共同探索。

Nanopore甲基化測序和6mA-IP-seq的區(qū)別？

6mA-IP-seq是研究用6mA的抗體去富集發(fā)生甲基化的區(qū)域，該技術(shù)最后找到的是發(fā)生甲基化區(qū)域的Peak，而非單堿基分辨率下研究每個A堿基的甲基化狀態(tài)。而Nanopore測序根據(jù)電信號直接判斷堿基是否發(fā)生甲基化修飾，進(jìn)而根據(jù)多條read的信息去計算每個位點的甲基化水平。甲基化水平的變化與基因表達(dá)調(diào)控密切相關(guān)，單堿基分辨率研究位點的甲基化水平的變化對于研究甲基化的功能至關(guān)重要。